La cabecera municipal de Guatavita fue trasladada en el año de 1967 a su lugar actual donde se construyó una población moderna de aspecto colonial. Las ruinas de la cabecera anterior se encuentra actualmente en el sur del fondo del embalse del Tominé.

En su época fue el centro de culto a la diosa del agua Chie, y los aldeanos fueron expertos ofebres, sin embargo en el año de 1593, el oidor Miguel Ibarra, fundador del pueblo, le adjudicó las tierras a los indígenas de la región.

La Mina de Sal de Nemocón guarda más de 500 años de historia subterránea y es considerada la primera mina de sal explotada de forma subterránea en Colombia